Opodatkowanie VAT dotyczy organizacji, które prowadzą działalność odpłatną i gospodarczą, jeśli przekroczą wartość obrotu netto w wysokości 150 000 zł w skali roku. Podobnie wygląda sytuacja w przypadku otrzymania dotacji, które mają wpływ bezpośredni na obniżenie ceny proponowanych usług. W przypadku wartości niższej niż 150 000 zł w skali roku, nie podlegają one opodatkowaniu VAT. Należy pamiętać, że ustawa o VAT nie rozróżnia pojęcia działalności: statutowej odpłatnej, statutowej nieodpłatnej, gospodarczej.
W podatku od towarów i usług występują następujące stawki: zwolniona, 0% (bardzo korzystna dla organizacji pozarządowych), 3%, 7% oraz 22%. Wysokość stawki podatku prowadzonej działalności można sprawdzić w Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług, czyli PKWiU. Z kolei w załącznikach do ustawy o podatku od towarów i usług wymieniono towary i usługi, które podlegają oprocentowaniu niższemu niż 22%. Wszelkie wątpliwości, dotyczące zastosowania symboli PKWiU można zgłaszać do Ośrodka Standardów Klasyfikacyjnych Urzędu Statystycznego w Łodzi. Do pisma o nadanie odpowiedniego symbolu należy dołączyć następujące dokumenty statut, regon, numer identyfikacji podatkowej (NIP) oraz opis działalności. Niezwykle ważne jest to, że tej decyzji nie może podważyć urząd skarbowy.
Organizacja pozarządowa w każdej chwili może zgłosić się właściwego urzędu skarbowego z prośbą o uzyskanie statusu podatnika VAT. Wystarczy wówczas złożyć wniosek na druku VAT-R z aktualizacją danych. Należy otrzymać potwierdzenie od naczelnika urzędu skarbowego. Oznacza to, że dobrowolnie rezygnuje z przysługujących jej zwolnień podatkowych. Jeśli chodzi o obszary działalności, które automatycznie czynią z omawianych podmiotów podatników VAT, to jednym z nich są usługi doradcze.
Jednak w praktyce organizacje pozarządowe rzadko zgłaszają się do urzędów skarbowych w celu wcześniejszego uzyskania statusu podatnika VAT. Najczęściej podejmują wiele działań, aby uniknąć takiego obowiązku.
